Jet supersonik itu ditemukan bersama peluru kendali dan bagian-bagian senjata lainnya yang tersembunyi dalam pengiriman gula; suatu hal yang bisa membuat PBB menjatuhkan sanksi lebih berat kepada Korea Utara.
Kapal barang berbendera Korea Utara itu diketahui berlabuh muat di Kuba sebelum berlayar melintasi Terusan Panama, menuju Korea Utara.
Kuba telah mengklaim pengiriman itu, dicegat awal bulan ini, terdiri dari senjata-senjata "usang" yang dikirim ke Korea Utara untuk diperbaharui dan dipulangkan.
Para ahli sanksi PBB berencana ke Panama untuk memeriksa pengiriman itu pada 5 Agustus.
Presiden Panama, Ricardo Martinelli, mengatakan, dua jet MiG-21 Fishbed, rudal baterai anti-pesawat dan bagian-bagian lain sistem persenjataan strategis telah ditemukan di dalam kapal itu.
"Rupanya pesawat ini bisa digunakan karena mereka memiliki bahan bakar," katanya selama kunjungan ke Pelabuhan Manzanillo, di mana kapal sedang dibongkar.
Sebanyak 35 orang awak dari kapal berbendera Korea Utara, Chong Chon Gang, tersebut telah ditahan dan bisa menghadapi tuduhan perdagangan senjata.
Dewan Keamanan PBB telah memberlakukan beberapa putaran sanksi terhadap Pyongyang atas program senjata nuklirnya.
Korea Utara telah menegaskan pengiriman sepenuhnya sah dan menuntut para awak kapal itu dibebaskan.
Kuba adalah satu-satunya negara satu partai komunis di Amerika dan sekutu langka dari Korea Utara.