Kroasia menjadi memucak klasemen grup D dengan perolehan tujuh poin hasil dua kemenangan antara lain 2-1 atas Spanyol dan 1-0 atas Turki, serta imbang 2-2 dari Ceko. Spanyol berada di posisi kedua hasil dua kali kemenangan antara lain 1-0 atas Ceko dan 3-0 saat melawan Turki.
Kedua tim pun berhak maju ke babak 16 besar. Spanyol akan menghadapi Italia yang menjadi juara grup E, adapun Kroasia sebagai juara grup D akan menghadapi peringkat tiga terbaik dari grup B/E/F pada 25 Juni mendatang.
Peringkat ketiga grup D ditempati Turki yang tampil tanpa beban untuk menekuk Republik Ceko dengan skor 2-0. Ini merupakan kemenangan serta gol pertama yang dicetak pasukan Arda Turan dan kolega pada Euro 2016.
Sementara tim Ceko yang diperkuat pemain bintang seperti Petr Cech, Tomas Rosicky, Tomas Sivok dan Jaroslav Plasil dipastikan pulang dari turnamen ini.
Berikut klasemen akhir Grup D:
| Pos | Negara | Main | Menang | Seri | Kalah | Selisih gol | Nilai |
| 1 | Kroasia | 3 | 2 | 1 | 0 | 2 | 7 |
| 2 | Spanyol | 3 | 2 | 0 | 1 | 3 | 6 |
| 3 | Turki | 3 | 1 | 0 | 2 | -2 | 3 |
| 4 | Ceko | 3 | 0 | 1 | 2 | -3 | 1 |