Bukan hanya penumpang, PELNI melayani 44 trayek kapal perintis untuk perjalanan penduduk daerah 3TP, menyinggahi 285 pelabuhan, dan 3.695 ruas. Selain itu, memiliki 16 kapal Rede, untuk pelayanan bisnis logistik telah beroperasi 10 trayek Tol Laut dan 1 trayek untuk pelayanan angkutan ternak.
Nama-nama kapal Pelni dan rute perjalanannya
Dalam operasi pelayarannya, PT Pelayaran Nasional Indonesia (Pelni) memiliki 26 kapal dengan rute perjalanan yang berbeda-beda. Kendati demikian, nama dan rute kemungkinan dapat berubah sesuai dengan kebijakan Pelni.KM Sirimau
- Rute perjalanan: Manokwari – Sorong – Ambon – Wanci – Bau-bau – Maumere – Lewoleba – Kupang – Kalabahi – Saumlaki – Tual – Dobo – Timika – Agats – Merauke (PP)
- Rute perjalanan: Benoa – Bima – Labuan Bajo – Makassar – Awerange – Bontang(PP)
- Rute perjalanan: Kumai – Surabaya – Benoa – Bima – Waingapu – Ende – Kupang – Kalabahi (PP)
- Rute perjalanan: Bitung - Gorontalo - Luwuk - Kendari - Raha - Bau-Bau - Makassar - Labuan Bajo - Bima - Ampenan/Lembar - Benoa
- Rute perjalanan: Tanjung Priok – Tanjung Pandan – Pontianak – Semarang – Kumai –Karimun Jawa (PP)
- Rute perjalanan: Bitung – Tidore – Sorong – Fak-fak – Kaimana – Tual – Timika -Agats – Merauke (PP)
Rute pelayaran dibagi menjadi 2 yaitu:
- Rute A: Batulicin – Makassar – Bima – Labuan Bajo – Kalabahi – Kupang – Rote – Sabu (PP)
- Rute B: Batulicin – Makassar – Labuan Bajo – Bima – Waikelo – Waingapu – Ende – Kupang (PP)
- Rute perjalanan: Tanjung Perak Surabaya – Benoa – Bima – Labuanbajo – Makassar – Bau-Bau – Wanci – Namrole – Ambon – Saumlaki – Tual – Dobo – Timika – Agats – Merauke (PP)
- Rute perjalanan: Surabaya – Kumai – Sampit – Semarang – Karimun Jawa (PP)
- Rute perjalanan: Waingapu Sumba – Lembar Lombok – Surabaya – Batulicin – Pare-Pare – Bontang (PP)
Rute terdiri atas dua yaitu:
- Rute A: Bitung – Ternate – Sanana – Namlea – Ambon – Geser – Fak-Fak – Sorong (PP)
- Rute B: Bitung – Kahakitang – Tahuna – Lirung – Karatung – Miangas – Gorontalo – P. Togian (Tongkabu) – Poso – Ternate – Sanana – Namlea – Ambon (PP)
Rute dibagi menjadi dua yaitu:
- Rute A: Tanjung Priok – Pulau Batam – Tanjung Balai Karimun – Belawan (PP)
- Rute B: Tanjung Priok – Kijang – Pulau Batam – Belawan (PP)
- Rute perjalanan: Ambon – Banda – Namrole – Saumlaki – Tepa – Moa – Kisar – Geser (PP)
- Rute perjalanan: Wanci Wakatobi – Bau-Bau – Raha – Kendari (PP)
- Rute perjalanan: Tanjung Priok – Belinyu – Kijang – Letung – Tarempa – Natuna – Midai – Serasan – Pontianak – Surabaya (PP)
- Rute perjalanan: Tanjung Perak Surabaya – Balikpapan – Pantoloan – Bitung – Ternate – Sorong – Manokwari – Nabire – Serui – Jayapura (PP)
- Rute perjalanan: Tanjung Priok – Surabaya – Makassar – Surabaya – Bau-bau – Ambon – Sorong – Serui – Jayapura (PP)
- Rute perjalanan: Makassar – Pare-Pare – Balikpapan – Tarakan – Nunukan – Maumere –Lewoleba – Kupang (PP)
- Rute perjalanan: Kijang Bintan – Tanjung Priok – Surabaya – Makassar – Maumere – Larantuka – Lewoleba – Kupang (PP)
- Rute perjalanan: Makassar – Pare-Pare – Balikpapan – Tarakan – Nunukan – Maumere –Lewoleba – Kupang (PP)
- Rute perjalanan: Makassar – Bau-Bau – Namlea- Ambon – Tual – Dobo – Kaimana – Fak-Fak – Sorong – Manokwari – Nabire (PP)
Rute dibagi menjadi dua yaitu:
- Rute A: Bau-Bau – Makassar – Pare-Pare – Balikpapan – Tarakan – Nunukan – Pantoloan – Balikpapan – Makassar (PP)
- Rute B: Makassar – Baubau – Maumere – Larantuka (PP)
- Rute perjalanan: Surabaya – Makassar – Bau-bau – Banggai – Bitung – Ternate – Bacan – Sorong – Manokwari – Biak – Jayapura (PP)
- Rute perjalanan: Tanjung Priok – Surabaya – Makassar – Bau-Bau – Ambon – Banda – Tual – Dobo – Kaimana – Fak-Fak (PP)
- Rute perjalanan: Tanjung Priok Jakarta- Surabaya – Makassar – Bau-Bau – Namlea – Ambon – Ternate – Bitung (PP)
- Rute perjalanan: Tanjung Priok Jakarta – Surabaya – Makassar – Sorong – Manokwari – Wasior – Nabire – Jayapura (PP)
- Rute perjalanan: Tanjung Priok – Surabaya – Makassar – Bau-bau – Ambon - Sorong – Manokwari – Biak – Jayapura (PP)