Lembaga pendidikan Muhammadiyah memiliki tiga fungsi utama yaitu mampu menjadi pusat ilmu, teknologi dan kajian untuk membedah ilmu modern maupun ilmu al-Quran yang mampu berkontribusi nyata bagi masyarakat, sebagai pusat dakwah dan fungsi perkaderan.
Pada 9 Juli 2024 Lembaga Layanan Pendidikan Tinggi (LLDIKTI) Wilayah IV menyerahkan SK Kemendikbudristek untuk penggabungan beberapa perguruan tinggi Muhammadiyah menjadi universitas. Oleh karena itu, saat ini telah bertambah tiga universitas Muhammadiyah baru yaitu Universitas Muhammadiyah Cileungsi, Universitas Muhammadiyah Ahmad Dahlan Cirebon, dan Universitas Muhammadiyah Kuningan.
Saat ini jumlah total dari Universitas dalam Perguruan Tinggi Muhammadiyah dan Aisyiyah (PTMA) 76 universitas. Berikut adalah daftar Universitas Muhammadiyah yang ada di Indonesia:
- Universitas Ahmad Dahlan
- Universitas 'Aisyiyah Bandung
- Universitas 'Aisyiyah Surakarta
- Universitas 'Aisyiyah Yogyakarta
- Universitas Muhammadiyah Aceh
- Universitas Muhammadiyah Ahmad Dahlan Cirebon
- Universitas Muhammadiyah AR Fachruddin
- Universitas Muhammadiyah Banjarmasin
- Universitas Muhammadiyah Bangka Belitung
- Universitas Muhammadiyah Bandung
- Universitas Muhammadiyah Banten
- Universitas Muhammadiyah Bengkulu
- Universitas Muhammadiyah Bima
- Universitas Muhammadiyah Bone
- Universitas Muhammadiyah Bulukumba
- Universitas Muhammadiyah Buton
- Universitas Muhammadiyah Cileungsi
- Universitas Muhammadiyah Cirebon
- Universitas Muhammadiyah Enrekang
- Universitas Muhammadiyah Gorontalo
- Universitas Muhammadiyah Gombong
- Universitas Muhammadiyah Gresik
- Universitas Muhammadiyah Jambi
- Universitas Muhammadiyah Jakarta
- Universitas Muhammadiyah Jember
- Universitas Muhammadiyah Kalimantan Timur
- Universitas Muhammadiyah Kendari
- Universitas Muhammadiyah Klaten
- Universitas Muhammadiyah Kotabumi
- Universitas Muhammadiyah Kudus
- Universitas Muhammadiyah Kuningan
- Universitas Muhammadiyah Kupang
- Universitas Muhammadiyah Lamongan
- Universitas Muhammadiyah Lampung
- Universitas Muhammadiyah Luwuk
- Universitas Muhammadiyah Madiun
- Universitas Muhammadiyah Magelang
- Universitas Muhammadiyah Makassar
- Universitas Muhammadiyah Malang
- Universitas Muhammadiyah Maluku
- Universitas Muhammadiyah Maluku Utara
- Universitas Muhammadiyah Mamuju
- Universitas Muhammadiyah Manado
- Universitas Muhammadiyah Mataram
- Universitas Muhammadiyah Metro
- Universitas Muhammadiyah Palangka raya
- Universitas Muhammadiyah Palembang
- Universitas Muhammadiyah Palopo
- Universitas Muhammadiyah Palu
- Universitas Muhammadiyah Papua
- Universitas Muhammadiyah Parepare
- Universitas Muhammadiyah Pekajangan Pekalongan
- Universitas Muhammadiyah Pontianak
- Universitas Muhammadiyah Pringsewu
- Universitas Muhammadiyah Prof. Dr. Hamka
- Universitas Muhammadiyah Purwokerto
- Universitas Muhammadiyah Purworejo
- Universitas Muhammadiyah Riau
- Universitas Muhammadiyah Semarang
- Universitas Muhammadiyah Sidenreng Rappang
- Universitas Muhammadiyah Sidoarjo
- Universitas Muhammadiyah Sinjai
- Universitas Muhammadiyah Sorong
- Universitas Muhammadiyah Sukabumi
- Universitas Muhammadiyah Sumatera Barat
- Universitas Muhammadiyah Sumatera Utara
- Universitas Muhammadiyah Surabaya
- Universitas Muhammadiyah Surakarta
- Universitas Muhammadiyah Tangerang
- Universitas Muhammadiyah Tapanuli Selatan
- Universitas Muhammadiyah Tasikmalaya
- Universitas Muhammadiyah Yogyakarta
- Universitas Siber Muhammadiyah
- Universitas Muhammadiyah Gorontalo
- Universitas Muhammadiyah Palopo
- Universitas Muhammadiyah Sidenreng Rappang
Baca juga: Makna logo Muhammadiyah beserta visi, misi dan tujuannya
Baca juga: Muhammadiyah minta dunia kutuk Israel atas kematian Haniyeh
Baca juga: Mars Muhammadiyah, lirik dan maknanya