Masjid yang terletak di dekat sungai dan menghadap ke tepi laut itu mengalami kerusakan dahsyat berkaki-kali.
Ada yang mengistilahkan Masjid Jami' merupakan "ibu" dari masjid termegah di sampingnya, yaitu Masjid Raya Al Fatah.
Konon, Masjid Jami' sendiri merupakan cikal bakal lahirnya masjid megah Al Fatah di pusat Kota Ambon tersebut.
Masjid Jami' sendiri didirikan pada 1860 di atas tanah wakaf oleh janda bernama Kharie.
Dalam proses pembangunannya Masjid Jami' Ambon, itu juga melibatkan masyarakat lintas agama. Bantuan itu bisa berupa materi maupun tenaga.
"Tanah masjid ini merupakan pemberian oleh seorang janda," ujar salah satu pengurus Masjid Jami' Salem Jamalilel.
Kala itu, konstruksinya tak sekokoh sekarang. Saat itu Masjid Jami' dibangun sederhana, berdinding dan beratapkan daun rumbia (pohon aren, enau) dengan tiang kayu.
Dulu, masjid tersebut merupakan pusat aktivitas keagamaan umat Islam di Kota Ambon dan menjadi salah satu sarana syiar Islam pada zaman kolonial.
Hingga pada 1898 masjid sederhana yang ditopang kayu itu direnovasi dengan atap seng dan areanya diperluas.
Namun, kokohnya bangunan Masjid Jami' kala itu tetap roboh ketika diterjang banjir dahsyat akibat luapan Sungai Wai Batu Gajah dan bangunannya hanyut bersama rumah-rumah warga pada 1933.
Tiga tahun berselang dari bencana tersebut, pengurus masjid serta warga pun berbondong-bondong membangun kembali masjid dengan semi-permanen pada 1936 dan selesai pada 1940.
Sejak saat itulah Masjid Jami' mulai dikelola secara terorganisasi melalui sebuah yayasan.
Pada 1940 menjelang berakhirnya Pemerintahan Kolonial Belanda di Maluku, serdadu kompeni membuka keran minyak yang berada di sebelah hulu Sungai Wai Batu Gajah sehingga permukaan sungai digenangi oleh minyak kemudian dibakar. Tujuannya, untuk menghalau masuknya pasukan Jepang di Kota Ambon.
Lautan api pun berkobar di kota yang dikenal dengan julukan Ambon Manise itu.
Masjid Jami' pun juga tak luput dari kobaran api. Bangunan tempat ibadah itu hangus hingga rata dengan tanah.
Namun, masjid itu kembali dibangun secara swadaya oleh umat Islam di Ambon sebagai wujud mempertahankan bangsa dan agama.
Masjid Jami' menjadi saksi peristiwa demi peristiwa bersejarah di Kota Ambon, mulai dari penjajahan Belanda, kedatangan Jepang, operasi Permesta pada 1957, kekuasaan PKI pada 1965, hingga kelompok separatis bersenjata RMS setelahnya.
Tata ruang masjid
Masjid Jami' terdiri atas sembilan pintu utama, yang masing-masing berukuran panjang 3 meter dengan lebar 2 meter.
Enam pintu utama berjajar dari samping kiri dan kanan bangunan masjid. Sementara tiga lainnya menghadap depan.
Dinding masjid sengaja dicat hijau untuk menambah kesejukan. Warna hijau juga merupakan salah satu warna favorit Nabi Muhammad.
Pada bagian atas, tampak interior masjid tua pada umumnya. Terdapat 36 jendela kecil berbentuk kerucut dipasang mengelilingi dinding bagian atas.
Uniknya, masjid yang telah berdiri kokoh selama 163 tahun tersebut hingga kini masih ditopang dengan kayu linggua dan kayu kani pada dinding-dindingnya.
Kusen pintu dan jendelanya pun masih bisa dikatakan orisinal sejak ratusan tahun lalu.
"Ini pintu-pintu dan kayu-kayu penyangganya masih asli semua," kata Jamalilel.
Masjid Jami' Ambon sebenarnya memiliki mimbar bersejarah yang merupakan pemberian dari Wakil Presiden pertama Republik Indonesia yakni Mohammad Hatta.
Namun sebagai wujud ukhuwah islamiyah, mimbar tersebut diberikan ke Masjid Jami' Tulehu.
Pada bagian bawah, Masjid Jami' Ambon menggunakan marmer berukuran 20x40 sentimeter bercorak putih kebiruan yang didatangkan langsung dari Italia pada 1933.
Hal itu merupakan inisiasi langsung dari tukang yang bernama Zainudin. Namun saat ini tak semua lantai marmer berasal dari Italia, namun untuk menjaga keasliannya, marmer tersebut dipasang di bawah empat tiang utama masjid.
Lantai marmer Italia itu kini masih tersisa sekitar 5 meter persegi yang berada di tengah-tengah luas areal dalam lantai masjid. Sebagian bahan luar negeri yang masih ada, itu tetap akan dijaga sebagai bagian yang tidak terpisahkan dari sejarah berdirinya Masjid Jami'.
Menurut sejarah, bangunan asli Masjid Jami' adalah sebatas empat tiang utama yang menjadi penyangga di dalam masjid tersebut.
Pada bagian depan terdapat tangga masjid yang berusia ratusan tahun untuk membersihkan ruangan atas tempat ibadah ini.
Yang paling ikonik, yaitu bedug masjid yang diyakini sudah berusia ratusan tahun yang terbuat dari kayu yang sama untuk menyangga dinding-dinding masjid.
Tempat dakwah Buya HAMKA
Ulama berpengaruh, Buya HAMKA, pun pernah berdakwah di Masjid Jami' Ambon. Tepatnya pada 1933, Ketua Majelis Ulama Indonesia (MUI) pertama itu datang ke Kota Ambon.
Selain berceramah, Buya HAMKA bahkan pernah memimpin shalat di masjid tersebut.
Saat ini Masjid Jami' Ambon tak sekadar dipakai untuk beribadah atau kegiatan agama saja.
Pada saat-saat tertentu, masjid ini juga digunakan oleh masyarakat untuk sekadar berdiskusi hingga tempat istirahat bagi para musafir.
Suasana keramaian akan lebih terasa pada saat bulan Ramadhan. Setiap hari, masjid tua itu menyediakan aneka jajanan menu berbuka puasa.
"Setiap hari selama Ramadhan memang selalu ada buka puasa bersama secara gratis disini," ujar Imam Masjid Jami' Muhammad Nunlehu.
Buka puasa gratis tersebut merupakan salah satu kebiasaan sejak masjid didirikan 163 tahun lalu.
"Setahu saya memang sudah menjadi kebiasaan dari dulu, ini jadi salah satu tempat singgah bagi musafir untuk berbuka puasa," kata dia.
Kini, masjid tersebut juga bisa menjadi salah satu destinasi wisata religi bagi masyarakat.
Sejarah dan toleransi yang melekat pada masjid ini menjadi nilai tersendiri bagi wisatawan yang datang.