Ia juga menghormati upaya pemerintah Indonesia untuk melindungi perairannya sendiri sambil menolak klaim "tidak sah" China di daerah tersebut.
Pompeo berusaha memperkuat hubungan strategis dan ekonomi di tengah peningkatan ketegangan antara AS dan China.
Dalam konferensi pers bersama dengan Menlu Retno Marsudi, dia memuji "tindakan tegas" Jakarta untuk melindungi kedaulatannya di perairan dekat Kepulauan Natuna, yang diklaim China sebagai wilayahnya.
Pompeo mengatakan klaim China itu "melanggar hukum".
"Saya berharap untuk bekerja sama dalam cara-cara baru untuk memastikan keamanan maritim melindungi beberapa rute perdagangan tersibuk di dunia," kata Pompeo dalam konferensi pers setelah melakukan pertemuan dengan Retno.
Menlu RI, sementara itu, mengatakan dia menginginkan Laut China Selatan yang "stabil dan damai", dengan semua pihak menaati hukum internasional.
Pompeo dijadwalkan bertemu dengan Presiden Indonesia Joko Widodo pada Kamis, juga berpidato di depan kelompok pemuda Islam.
Sebelum ke Indonesia, Pompeo mengunjungi India, Sri Lanka, dan Maladewa.
Dia dijadwalkan terbang ke Vietnam pada Kamis malam.
Sumber: Reuters
Baca juga: Menlu AS Pompeo akan singgah di Vietnam
Baca juga: Pompeo kunjungi Asia, tekankan komitmen AS untuk kawasan Indo-Pasifik
Baca juga: Pompeo: AS dan India harus fokus hadapi ancaman China